Ο ΑΠΣ Μιλτιάδη Μαραθώνος είναι μέλος της ΕΟΤΡΙ (Ελληνική Ομοσπονδία Τριάθλου), του ΑΛΣ (Πανελληνίου Συλλόγου Μαραθώνιας και Χειμερινής Κολύμβησης) και της ΕΟΜΟΠ (Ελληνική Ομοσπονδία Μοντέρνου Πεντάθλου). Επίσης, είναι επίσημο μέλος της ΕΟΣΛΜΑ-Υ (Ελληνική Ομοσπονδία Συλλόγων Λαϊκού Αθλητισμού και Υπεραποστάσεων).